As diversas linhas de investigação do programa permitem o desenvolvimento de pesquisas de interface clínica, cujos resultados revertem-se diretamente à comunidade. Entre essas atividades, encontram-se os transplantes de células-tronco realizados no Hospital das Clínicas da FMRP-USP, para o tratamento de pacientes com doenças autoimunes graves. As atividades de assistência clínica, criadas pelo Prof. Júlio Voltarelli (in memoriam), e atualmente coordenadas pela Profa. Maria Carolina de Oliveira Rodrigues, orientadora do PPG IBA, encontram-se vinculadas ao Departamento de Clínica Médica e ao Centro de Terapia Celular (FMRP-USP). Os alunos do PPG IBA, orientados pelas Profas. Maria Carolina de Oliveira Rodrigues e Kelen Malmegrim de Farias, desenvolvem atividades de pesquisa complementares, buscando principalmente estudar os  mecanismos imunológicos associados aos transplantes. Esses resultados são diretamente revertidos à clínica, melhorando os procedimentos de transplante, tornando-os mais seguros e mais eficazes.  Os transplantes de células-tronco são oferecidos a pacientes com doenças autoimunes provenientes de todas as regiões do Brasil. Nos últimos 20 anos, centenas de pacientes com esclerose sistêmica, esclerose múltipla, diabetes do tipo 1, entre outras doenças autoimunes, já foram transplantados no Centro. O Hospital das Clínicas da FMRP-USP é referência nacional, e o único a oferecer o tratamento de forma gratuita aos cidadãos brasileiros.